Table of Contents |
guest 2024-03-29 |
Computational medicine core to enhance research
and clinical applications in genomics
The Bioinformatics Platform is one of the Centre for Translational Biology (CTB) Technology Platforms at the Research Institute of the McGill University Health Centre (RI-MUHC). The Bioinformatics Platform professionals aim to accelerate genomics research and its applications in clinical practice, while responding to local needs in research, health services and industry arising from the ongoing genomic revolution. Their mission is to develop the bioinformatics and computational biology (B/CB) capacities at the RI-MUHC to ensure that researchers, and ultimately patients, derive maximum benefits from genomic data.
Providing analytic tools and support in computational genomics:
Supporting management and integration of laboratory and clinical data:
Accelerating the translation of computational genomic tools to healthcare uses:
Platform manager
Bioinformatician
SAIL Platform manager
Bioinformatician
Bioinformatician
These prices are given for information only.
To use our services or to obtain a quotation, please contact us.
Services/Instruments | RI-MUHC members | McGill | Academia | Industry |
---|---|---|---|---|
Whole Genome Sequencing (per sample) Includes reports, QCs for variants and CNV | $50 | $55 | $65 | Please contact us |
Whole Exome Sequencing (per sample) Includes reports, QCs for variants and CNV | $30 | $33 | $40 | Please contact us |
RNA-Seq expression analysis Case/Control Includes QCs, tables & figures for expression and pathway analysis | $700 | $800 | $900 | Please contact us |
Bioinformatics support (hourly) | $55 | $65 | $75 | Please contact us |
Development of Data Management System User specific security features, custom forms and reports, etc. | Please contact us |
514-934-1934, ext. 76406
Glen site, ES1.5500
Research Institute of the McGill University Health Center
1001 Bd Décarie, Montréal, QC H4A 3J1
RI-MUHC Bioinformatics Platform
McGill Initiative in Computational Medicine (MiCM)
McGill University and Génome Québec Innovation Centre (MUGQIC)
Canadian Centre for Computational Genomics (C3G)
McGill HPC - McGill University's centre for High Performance Computing (HPC)
GOBLET - the Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education & Training
Tools
IGV - Integrative Genomics Viewer
SSHFS (Windows, Linux) - Access remote file system by SSH
HTSeq - Analysing high-throughput sequencing data with Python
vcfanno - Fast VCF annotator
cyvcf2 - Fast python parsing of VCF and BCF
Best practices & reference material
NIH Genomic Data Commons (GDC)
GEMSTAR, from The Transforming Genetic Medicine Initiative (TGMI)
Genome in a bottle (GIAB)
Variant databases
Genome browsers
Integrative Genomics Viewer (IGV)
Rare diseases
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)
Cancer
The Variant Interpretation for Cancer Consortium (VICC)
Ontologies
Human Phenotype Ontology (HPO)
Mission
The goal of the RI-MUHC Bioinformatics Patform is to accelerate genomic research at the RI-MUHC and its applications in clinical practice, and to respond to local needs in research, health services and industry arising from the ongoing genomic revolution.
Our mission is to build bioinformatics/computational biology (B/CB) capacity at the RI-MUHC to ensure that researchers, and ultimately patients, derive maximum benefits from genomic data. We are dedicated to:
link to eventbrite for upcoming events
link to past workshops
download previous workshop documents
Email: bioinformatics.rimuhc@mcgill.ca
Phone: 514-934-1934 ext. 76406
Address:
Research Institute of the MUHC, Glen site
1001 Decarie Boulevard, ES1.5500
Montréal (QC) H4A 3J1
Team:
Daniel Jimenez, M.Sc., Platform manager, Bioinformatician
Aude Gerbaud, M.Sc., Bioinformatician
Cedric Roux, M.Sc., Bioinformatician
Mathieu Simard, M.Sc., Bioinformatician
Plateforme de médecine computationnelle
pour la mise en valeur de la recherche et
des applications cliniques en génomique
La Plateforme de bio-informatique est l’une des plateformes technologiques du Centre de biologie translationnelle (CBT) à l’Institut de recherche du Centre universitaire de santé McGill (IR-CUSM). L’objectif des professionnelles de la plateforme est d’accélérer la recherche en génomique et ses applications en milieu clinique afin de répondre aux besoins des équipes de recherche, des services de santé et de l’industrie émanant de la révolution génomique. Leur mission est de développer les compétences en bio-informatique et biologie computationnelle à IR-CUSM afin que les équipes de recherche, et ultimement les patients, bénéficient au maximum des analyses de données génomiques.
Analyses bio-informatiques et traitement de données génomiques:
Support pour l’intégration et la gestion de données cliniques et de laboratoire:
Accélérer la transition et l’implantation des outils de génomique pour le soin:
Gestionnaire de la plateforme
Bio-informaticien
Gestionnaire de la plateforme SAIL
Bio-informaticienn
Bio-informaticienne
Les prix suivants sont donnés uniquement à titre informatifs.
Pour utiliser nos services ou obtenir un devis, n'hésitez pas à nous contacter.
Services/Instruments | Membres de l'IR-CUSM | McGill | Académique | Industrie |
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Séquençage du génome entier (par échantillon) Inclus rapports, CQs des variants et VNC | 50$ | 55$ | 65$ | Merci de nous contacter |
Séquençage complet de l'exome (par échantillon) Inclus rapports, CQs des variants et VNC | 30$ | 33$ | 40$ | Merci de nous contacter |
Analyse d'expression différentielle de RNA-Seq Cas/Contrôle Inclus CQs, tableaux & figures de l'analyse d'expression génique et des voies de signalisation | 700$ | 800$ | 900$ | Merci de nous contacter |
Suppport bio-informatique (taux horaire) | 55$ | 65$ | 75$ | Merci de nous contacter |
Développement d'un système de gestion des données Fonctionnalités de sécurité spécifiques à l'utilisateur, formulaires et rapports personnalisés, etc. | Merci de nous contacter |
514-934-1934, ext. 76406
Site Glen, ES1.5500
Institut de recherche du Centre universitaire de santé McGill
1001 Bd Décarie, Montréal, QC H4A 3J1
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Informations personnelles | |||||
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